Если выпустили только часть товаров и списали все деньги нужно делать следующее.

Так как ЭС ТО "Лицевые счета - ЕЛС" и "АИСТ-М" устроены так что не позволяют списать с ЕЛС платежи только за выпущенный товар, то по этой причине списывается вся рассчитанная сумма по ДТ, указанная в графе «В». Что конечно, неправильно для товаров, которым присвоен статус «отказ в выпуске».

Для возврата на ЕЛС уплаченных платежей по товарам в выпуске которых отказано, необходимо оформить КДТ и направить ее в таможенный орган, принявший решение об отказе в выпуске, добавив в 44-ю графу письмо с просьбой о проведении корректировки с описанием обстоятельств неправомерного списания. Рекомендуется использовать код изменений для данной КДТ: 1/0/0/0/0/0/М/3. 

Если КДТ рассчитана верно то графа B будет выглядеть следующим образом:

• в колонке "Сумма" указываются таможенные платежи  по выпущенным товарам.
• в колонке "Предыдущая сумма" указывается общая сумма таможенных платежей по всем товарам, та сумма которая рассчитывалась в изначальной в графе «В» ДТ.
• в колонке "Изменение" указывается излишне списанная сумма таможенных платежей (со знаком «-»).

Платежи, списанные по товарам, в выпуске которых отказано, считаются излишне уплаченными/взысканными, и поэтому в колонке "Изменение" они указываются со знаком «-»

После того как КДТ будет принята ТО, платежи вернутся на ЕЛС примерно на следующий день. Их можно будет вернуть на расчетный счет организации в соответствии с установленным порядком или использовать в счет таможенных платежей при подаче других ДТ.